Pravděpodobně nejznámější národní přírodní rezervací v okresu Prachatice je Boubínský prales. Na celé panorama Šumavy získáte krásný výhled z rozhledny Boubín. Za návštěvu určitě stojí nejkratší mezinárodní železnice na světě (105 m), jejíž provozovatelé myslí i na děti a připravují pro ně zajímavé aktivity.
Ze zámků doporučujeme návštěvu nově zrekonstruovaného zámku Dub nebo zámku ve Vimperku, který je společně s gotickým kostelem, věží a hradbami součástí městské památkové zóny. Pokud si uděláte výlet do obce Lenora, pak si budete moci prohlédnout lenorské rechle - krytý dřevěný most. Historiky může zaujmout archeopark Netolice.
Tradici mají v Prachaticích s historií spojené Slavnosti solné Zlaté stezky Prachatice. Jsou také jedním z měst, kde probíhají Dny evropského dědictví - akce, během níž je zpřístupněno mnoho zajímavých památek, které bývají během roku nepřístupné. Bohemia Jezz Fest se stal v krátkém čase jedním z největších letních jazzových hudebních festivalů v Evropě.